Subscribe to the gold package and get unlimited access to Shamra Academy
Register a new user(RNA-seq) in Bio-informatics
سلسلة الحمض النووي الريبي في المعلوماتية الحيوية
1167
1 31
0
(
0
)
Added by
Damascus University حلقة بحث
Publication date
2018
fields
Informatics Engineering
and research's language is
العربية
Authors
محمد الهادي نجار( طالب )
Created by
Hadi Najjar
Ask ChatGPT about the research
القدرة على تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي(RNA) بسهولة وكفاءة هي المفتاح الرئيس في أبحاث النواقل البيولوجية (Bioconductor). بدءًا من التعدادات الملخصة على مستوى الجين ، يشتمل التحليل النموذجي على المعالجة المسبقة والتحليل الاستكشافي للبيانات واختبار التعبير التفاضلي وتحليل المسار مع النتائج التي تم الحصول عليها والتي تخبرنا بالتجارب المستقبلية ودراسات التحقق.
The ability to easily and efficiently analyse RNA-sequencing data is a key strength of the Bioconductor project. Starting with counts summarised at the gene-level, a typical analysis involves pre-processing, exploratory data analysis, differential expression testing and pathway analysis with the results obtained informing future experiments and validation studies
Artificial intelligence review:
Research summary
تناقش الورقة البحثية المقدمة من جنان الفحام، رشا بكور، محمد الهادي نجار، ومحمد نشار من جامعة دمشق، كلية الهندسة المعلوماتية، تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) باستخدام تقنيات الجيل التالي من التسلسل (NGS). يركز البحث على أهمية تحليل بيانات RNA-seq في أبحاث النواقل البيولوجية، حيث يتم استخدام هذه التقنية للكشف عن كمية وجود الرنا في العينات البيولوجية في لحظة معينة. يتم توظيف RNA-seq في تحليل التغيرات الخلوية الطارئة على التعبير الجيني، مما يسهل عملية مراقبة الشيفرات الجينية الثانوية مثل الطفرات وحالات الاندماج بين الجينات. تقدم الورقة برنامج تحليل سلسلة الحمض النووي (Grape RNA-Seq Analysis Pipeline) كحل أول، والذي يتميز بواجهة سهلة الاستخدام ويتيح معالجة البيانات البيولوجية الضخمة بكفاءة عالية. كما تقدم الورقة توزيعة (edgeR) كحل ثاني، والتي تتيح إدارة وتنظيم وترشيح واختزال البيانات بالإضافة إلى توزيعة (Limma) التي تتيح إنشاء نماذج خطية وتطبيق توابع غاوصية للوصول إلى تعبيرات تفاضلية واختبار مجموعات الجينوم. تخلص الورقة إلى أن تطبيق تقنية RNA-seq باستخدام الحاسوب يمكن أن يتخطى المجالات الطبية إلى المجالات الزراعية والحيوية التقنية، ويمكن أن يساهم في تأمين علاج نوعي للخلايا السرطانية.
Critical review
دراسة نقدية: تقدم الورقة البحثية معلومات قيمة حول تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) وتطبيقاتها في الأبحاث البيولوجية. ومع ذلك، يمكن تحسين الدراسة من خلال توفير مزيد من التفاصيل حول كيفية تطبيق تقنيات الجيل التالي من التسلسل (NGS) بشكل عملي في المختبرات. كما يمكن تعزيز الدراسة بإضافة أمثلة تطبيقية توضح كيفية استخدام برنامج Grape RNA-Seq Analysis Pipeline وتوزيعة edgeR في تحليل بيانات حقيقية. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تحسين الدراسة من خلال مناقشة التحديات المحتملة التي قد تواجه الباحثين عند استخدام هذه التقنيات وكيفية التغلب عليها.
Questions related to the research
-
ما هو الهدف الرئيسي من تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq)؟
الهدف الرئيسي هو الكشف عن كمية وجود الرنا في العينات البيولوجية في لحظة معينة وتحليل التغيرات الخلوية الطارئة على التعبير الجيني.
-
ما هي المزايا الرئيسية لبرنامج Grape RNA-Seq Analysis Pipeline؟
يتميز بواجهة سهلة الاستخدام، معالجة البيانات البيولوجية الضخمة بكفاءة عالية، وتخزين النتائج النهائية في قاعدة بيانات MySQL.
-
ما هي التوزيعات التي تم مناقشتها في الحل الثاني لتحليل بيانات RNA-seq؟
تم مناقشة توزيعة edgeR، Limma، وGlimma.
-
كيف يمكن لتقنية RNA-seq أن تساهم في علاج الخلايا السرطانية؟
يمكن مراقبة الخلايا السرطانية باستمرار باستخدام تقنية RNA-seq، مما يساهم في تأمين علاج نوعي وقد يحل يوماً ما مكان تحاليل الدم والواسمات الحيوية.
References used
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4937821/
rate research
Read More
Introducing biomedical informatics (BMI) students to natural language processing (NLP) requires balancing technical depth with practical know-how to address application-focused needs. We developed a set of three activities introducing introductory BM
I students to information retrieval with NLP, covering document representation strategies and language models from TF-IDF to BERT. These activities provide students with hands-on experience targeted towards common use cases, and introduce fundamental components of NLP workflows for a wide variety of applications.
إنّ الهدف الأساسي من هذا البحث :
هو تحديد العلامات الجينية لفيروس الالتهاب الكبدي الوبائي (B ) يسمى اختصارا ً ب (HBV ) والذي يكون مرتبط بشكل رئيسي بسرطان الكبد (HCC) وذلك عن طريق ميّزة استخراج المعلومات المفيدة من البيانات كبيرة الحجم التي
تمثل العنصر الرئيسي في مجال المعلوماتيّة الحيويّة Bioinformatics وبشكل رئيسي يتم ذلك من تطوير فكرة مقارنة سلاسل DNA الكاملة ل HBV مع السلاسل الموجودة لدى المرضى الذين يعانون من السرطان الكبدي الوبائي و كذلك المرضى اللذين لا يعانون منه .
إنّ إطار التنقيب عن البيانات data mining framework (الذي نقصد به ِ؛ جمع وتحليل كميّات كبيرة من البيانات لإيجاد علاقة منطقية فيما بينها بحيث تلخّص هذه البيانات بطريقة جيّدة ) يتضمن تحليل التطور الجيني molecular evolution analysis وعملية العنقدة clustering و feature selection وتعليم المصنف classifier learning وعملية التصنيف classification حيثُ سيتم توضيح كيفيّة توظيفها جميعا ً في هذا البحث.
In this research we study some of the most Bio-inspired MAC
protocols widely used in WSNs. we select the protocols which
depends on ant colony optimization behavior (ACO), bee colony
optimization behavior (BCO) and particle swarm optimization.
This study aims at identifying the extent to which the postgraduate students in the
Faculty of Computer Engineering at the University of Damascus possess the skills of using
the computer by measuring their ability in using the computer according to
the following
fields:
(Computer skills, computer skills, operating system skills, skills of using ready
software, and skills of using the information network and the Internet). A special
questionnaire was constructed to achieve the objectives of the study and presented to a
group of competent arbitrators with the expertise to verify its validity and consistency. ,
Where the stability coefficient (0.94) was also used, and the Statistical Package Program
(SPSS) was used to analyze the data Finally, the study led to a number of results which, in
turn, led to some suggestions that could benefit computer workers, professionals and
specialists in college, university and society.
Rat collagen II – induced arthritis is a model of chronic
inflammation induced by Mycobacterium butyricum and collagen II. It is
characterized by similar pathophysiological and pathobiochemical changes
as rheumatoid arthritis (RA) in humans. In th
e present study, the
biochemical and histopathological effects of vitamin E, allopurinol (Allo),
on RA of rats were investigated. The oxidative stress indices and
prostaglandin E were evaluated.
suggested questions
Log in to be able to interact and post comments
comments
Fetching comments
Sign in to be able to follow your search criteria
