Human cell simulation

في هذه الدراسة قمنا بتطوير نموذج لمحاكاة عمل الخلية العضلية القلبية البطينية (SYRIA Model) باعتبارها مثالاً عن محاكاة الخلية البشرية، وذلك بالاعتماد على أحدث النماذج الرياضية للخلية القلبية، حيث اعتمدنا على O'Hara (O'Hara, et al., 2011) لنمذجة النشاط الكهربائي، واستتباب الشوارد الأساسية، والتقلص، كما أضفنا تحسينات على هذا النموذج تمثلت في إضافة دور قنوات البوتاسيوم KATP، وقنوات شوارد الكلور، وقنوات تنظيم الحجم، وذلك بالاعتماد على نموذج Kyoto (A.Takeuchi, 2006)، كما تم إضافة قنوات تنظيم واستتباب PH بالاعتماد على نموذج Leem (Leem, et al., 1999)،و تحسين قيم بعض المتغيرات اعتمادا على نتائج مخبرية أحدث و خصوصاً تراكيز الشوارد ضمن المتقدرة و السيتوبلاسما وقيم الدوارئ للكالسيوم في الشبكة السيتوبلاسمية وقيم الناقلية العظمى للقنوات الغشائية و تراكيز المستقلبات في المتقدرة، وتم ربط النماذج السابقة مع نموذج للمتقدرة بالاعتماد على Kembro (Kembro, et al., 2013)، إذاً النموذج SYRIA الذي طورناه يعتمد على دمج وتحسين أهم النماذج المعروفة في بنية هرمية تسهل الفهم والمراقبة واعادة الاستخدام مع إضافة نماذج لاختبار العقاقير وبعض المؤثرات الخارجية، وتمت عملية البرمجة باستخدام كتل Blocks لتوابع M-file وS-function ضمن الأداة Simulink. وبمقارنة النتائج التي حصلنا عليها من عملية المحاكاة مع النتائج المخبرية، لاحظنا أن المحاكاة الحاسوبية أعطت نتائج ضمن المجال الفيزيولوجي الطبيعي.

In this study, we present a state-of-art model; we call SYRIA, to simulate the activity of ventricular myocardial cell as an example of simulating a human cell, in which we use the latest mathematical models of cardiac cell. We rely on O'Hara (O'Hara, et al., 2011) for modeling electrical activity, ions hemostasis, and contracting. Our presented model takes into consideration the role of potassium channels KATP, chloride channels, volume regulation channels based on the Kyoto model (A.Takeuchi, 2006), PH regulation channels based on Leem model (Leem, et al., 1999), and the improvement of the values of some variables based on the results of modern experiments, especially concentrations of ions within the mitochondrial and cytoplasm, the values of calcium buffers in the SR, values of the conductance of membrane channels, and concentrations of metabolites in the mitochondria. The previous models have been linked to a mitochondrial model based on Kembro (Kembro, et al., 2013). The SYRIA model is based on the integration and improvement of the best known models in a hierarchical structure that facilitates understanding, monitoring and reuse, we also present models for testing drugs and some external influences. The programming process is done using blocks of M-file and S-function in Simulink. By comparing the results obtained from the simulation with the laboratory results, we observe that computer simulations give results within the normal physiological range .