Subscribe to the gold package and get unlimited access to Shamra Academy
Register a new userTesting the sensitivity of Nested PCR method to detect Aspergillus fumigates in experimentally infected Sputum samples
دراسة حساسية تقانة PCR Nested في كشف الرشاشية الدخناء في عينات قشع مخموجة تجريبي
1194
0 10
0
(
0
)
Added by
Damascus University ورقة بحثية
Publication date
2012
fields
Pharmacy
and research's language is
العربية
Created by
Shamra Editor
Ask ChatGPT about the research
تحتل الإصابات الفطرية المسببة بأنواع فطر الرشاشية Aspergillus عمومـاً، المرتبـة الثانيـة عالمياً بين الإصابات الفطرية الغازيـة، و بـشكل خـاص، تعـد الرشاشـية الـدخناء Aspergillus fumigatus المسبب الرئيسي لداء الرشاشيات الغازي (IA (Aspergillosis Invasive . و على الرغم من أن هذا الداء نادراً ما يصيب الأفراد سليمي المناعة، إلا أنه يؤدي إلى الوفاة لـدى الأشخاص المضعفين مناعياً، لذلك فمن الضروري تشخيصه بشكلٍ مبكر، لمعالجتـه بـشكلٍ نـاجع. إن الأدوات التشخيصية التقليدية المتبعة حالياً للكشف عن الإصابات هي الاستنبات على وسط سـابورو، إذ تتصف هذه الطريقة بأنها ذات حساسية منخفضة و موثوقية ضعيفة. و قد سمح لنا انتشار تقانة التفاعل السلـسلي للبـوليميراز PCR-Nested كتقانـة جزيئيـة ذات حساسية عالية، بإجراء دراسة مقارنة بين حساسية كلتا الطريقتين التقليدية المتبعة و PCR-Nested، 6 و أظهرت نتائج الدراسة على عينات قشع مخموجة تجريبياً بتراكيز مختلفـة راوحـت بـين 10 -10 بوغة/مل، حساسية تقانة PCR-Nested و نوعيتها في الكشف عن أدنى التراكيز، مقارنـة بطريقـة التشخيص التقليدية المتمثلة بالاستنبات الفطري على وسط سابورو التي كانت سلبية للتراكيز جميعها.
Fungal infections caused by Aspergillus species generally are occupying a second place among invasive fungal infections in the world, especially A. fumigatus, which is considered the main cause of invasive Aspergillosis (IA). Although IA rarely infects immunocompetent individuals, however, it can lead to death in immunocompromised patients. Therefore, it is necessary to diagnose the infection early in order to treat the disease efficiently. However, the conventional diagnostic tools, currently used to detect infections, has low sensitivity and reliability. Polymerase chain reaction (PCR) technology distribution as a molecular and high sensitive technology has allowed us to make comparative study between sensitivity of traditional currently used diagnostic method and Nested-PCR, the result of the study of sputum samples that experimentally infected with different concentrations of A.fumigatus spores ramping from 10 to106 spore/ml, have high sensitivity and specificity of Nested-PCR in detecting the lower concentrations, comparing with traditional diagnostic method (culture on Sabouraud media) that were negative in all concentrations.
Artificial intelligence review:
Research summary
تتناول الدراسة حساسية تقانة Nested PCR في كشف فطر الرشاشية الدخناء في عينات القشع المخموجة تجريبياً. تعتبر الإصابات الفطرية المسببة بفطر الرشاشية من الإصابات الخطيرة التي تؤدي إلى الوفاة لدى الأشخاص المضعفين مناعياً. تعتمد الطرق التقليدية للكشف عن هذه الإصابات على الاستنبات الفطري على وسط سابورو، والتي تتميز بحساسية منخفضة وموثوقية ضعيفة. في هذه الدراسة، تم مقارنة حساسية تقانة Nested PCR مع الطريقة التقليدية للكشف عن فطر الرشاشية الدخناء. أظهرت النتائج أن تقانة Nested PCR تتميز بحساسية ونوعية عالية في الكشف عن الفطر حتى في التراكيز المنخفضة، بينما كانت نتائج الاستنبات الفطري سلبية لجميع التراكيز المستخدمة. تم الحصول على عينات القشع من شخص سليم، وتم تخميجها بتراكيز مختلفة من أبواغ الفطر. تم استنبات العينات على وسط سابورو كلورامفينيكول، واستخلص DNA الجينومي الفطري من العينات وأجريت عليها تقانة Nested PCR. أظهرت النتائج أن تقانة Nested PCR قادرة على الكشف عن الفطر في جميع التراكيز المستخدمة، مما يبرز فعاليتها العالية مقارنة بالطريقة التقليدية.
Critical review
دراسة نقدية: تعتبر هذه الدراسة خطوة مهمة نحو تحسين طرق التشخيص للإصابات الفطرية الغازية، وخاصة داء الرشاشيات. ومع ذلك، يمكن توجيه بعض النقد البناء للدراسة. أولاً، كان من الممكن توسيع حجم العينة لتشمل مزيداً من العينات من مرضى حقيقيين بدلاً من العينات المخموجة تجريبياً، مما يعزز من موثوقية النتائج وتطبيقها في الواقع العملي. ثانياً، لم تتناول الدراسة بشكل كافٍ العوامل المحتملة التي قد تؤثر على حساسية تقانة Nested PCR، مثل وجود ملوثات أو تداخلات من مكونات أخرى في العينات. أخيراً، كان من الممكن مقارنة تقانة Nested PCR مع تقانات جزيئية أخرى مثل Real-Time PCR لتقديم صورة أشمل عن أفضل الطرق المتاحة للكشف عن فطر الرشاشية الدخناء.
Questions related to the research
-
ما هي الفطريات التي تسبب داء الرشاشيات الغازي؟
الفطريات التي تسبب داء الرشاشيات الغازي هي أنواع فطر الرشاشية، وخاصة الرشاشية الدخناء (Aspergillus fumigatus).
-
ما هي الطريقة التقليدية المستخدمة للكشف عن فطر الرشاشية الدخناء؟
الطريقة التقليدية المستخدمة للكشف عن فطر الرشاشية الدخناء هي الاستنبات الفطري على وسط سابورو كلورامفينيكول.
-
ما هي مزايا تقانة Nested PCR مقارنة بالطريقة التقليدية؟
تتميز تقانة Nested PCR بحساسية ونوعية عالية في الكشف عن فطر الرشاشية الدخناء حتى في التراكيز المنخفضة، مقارنة بالطريقة التقليدية التي تتميز بحساسية منخفضة وموثوقية ضعيفة.
-
ما هي العوامل التي قد تؤثر على حساسية تقانة Nested PCR؟
العوامل التي قد تؤثر على حساسية تقانة Nested PCR تشمل وجود ملوثات أو تداخلات من مكونات أخرى في العينات، وكذلك جودة ونقاء DNA المستخلص.
References used
Araujo R. & Rodrigues A. G. (2004). Variability Of Germinative Potential among Pathogenic Species of Aspergillus. J. Clin Microbiol 42, 4335-4337
Bansod S., Gupta I. & Rai M. (2008). Specific detection of Aspergillus fumigatus in sputum sample of pulmonary tuberculosis patients by twostep PCR. African Journal of Biotechnology 7, 16-21
Bodey G., Bueltmann B. & Duguid W., et al.. (1992). Fungal infections in cancer patients: an international autopsy survey. Eur. J. Clin Microbiol Infect Dis 11, 99-109
rate research
Read More
This investigation was carried out during 2011–2012 season at the
biotechnology department\General Commission for Scientific Agricultural
Researches in order to detect the presence of Giardia Cysts on fresh vegetables
and irrigation water using PC
R technique to detect the status of Giardia cysts
in ten different agricultural areas of Damascus Countryside. 120 samples
including, 40 irrigation water and 80 vegetables samples were randomly
collected and tested. Out of 120 samples examined, only 25.8 % were
contaminated with Giardia cysts and these included 37.5% of irrigation water
samples and 20% of fresh vegetables samples. G. lamblia cysts were detected in
12.5% of examined samples, 17.5% of irrigation water samples and 10% of
fresh vegetables samples. The majority of contaminated samples (41.6%),
(25%) for Giardia and G. lamblia, respectively were from Misraba area without
statistically significant with Kafrein area, which showed the lowest
contamination with Giardia cysts (8.33%) and was free of G. lamblia cysts. This
study confirmed the importance of application of molecular biology methods in
the detection of Giardia on vegetables and their Irrigation water, since used
primers showed high specificity and sensitivity in the detection of the Giardia
genus and discriminate the Human pathogenic type, G. lamblia.
Leishmaniasis spreads in eighty-eight countries, including the Syrian Arab
Republic. This disease is caused by a protozoic parasite of the genus
Leishmania. Twenty-two species of leishmania were reported to be pathogenic
for human. The disease is
presented in three clinical forms: cutaneous,
mucocutaneous and visceral leishmaniasis. A set of methods for diagnosis and
identifying the type of parasite have been developed in order to give
appropriate treatment. These methods include isoenzyme analysis, serological
and immunological methods and DNA hybridization. The polymerase chain
reaction (PCR), using genomic or kinetoplastid DNA; provides an excellent tool
for diagnosis and characterization of leishmania species. In this work, the two
types of DNA were extracted in one step from cultured isolates taken from
patients. We have used kinetoplastid DNA and specific primers to determine
parasite species by PCR. These primers amplify species specific fragment. In
this study, we have determined that the causative species of the cutaneous
leishmaniasis in all patients was L.tropica.
User posts whose perceived toxicity depends on the conversational context are rare in current toxicity detection datasets. Hence, toxicity detectors trained on current datasets will also disregard context, making the detection of context-sensitive to
xicity a lot harder when it occurs. We constructed and publicly release a dataset of 10k posts with two kinds of toxicity labels per post, obtained from annotators who considered (i) both the current post and the previous one as context, or (ii) only the current post. We introduce a new task, context-sensitivity estimation, which aims to identify posts whose perceived toxicity changes if the context (previous post) is also considered. Using the new dataset, we show that systems can be developed for this task. Such systems could be used to enhance toxicity detection datasets with more context-dependent posts or to suggest when moderators should consider the parent posts, which may not always be necessary and may introduce additional costs.
The aim of this research is to study of detection sensitivity in optical preamplifier, which is used
as a first stage in optical receivers. This subject is important because it is used in laser
rangefinders. The parameters that affect the distance
measurement using time of flight
technique are studied in details. Then, noise analysis and signal to noise ratio calculation are
performed in preamplifiers to detect a signal with pulse width of 30ns using Matlab. The study
results are applied to some preamplifiers to determine the minimum detectable power.
204 samples were collected from various body samples
during the year 2016. These 204 samples distributed as
follows: 133 from urine , 37 swabs of wounds and burns,
10 swabs from the ear and pharynx, 12 from feces, 8
from CSF, 4 from blood. This s
tudy distinctly showed that
gram negative bacilli were the most isolates 136 (67%)
while 68 isolates (33%) were gram positive bacteria .
E. coli dominated (39.68%) of the total gram negative
bacilli.
This study distinctly showed an increase in the ratio of
E. coli resistance to one or more types of antibiotics , we
found that E. coli resistance to all antibiotics except
specific and expensive antibiotics, and we found that its
complete resistance to the second ,third and fourth
generation of cephalosporins , resistance to specific and
antibiotics such as Imipenem.
Log in to be able to interact and post comments
comments
Fetching comments
Sign in to be able to follow your search criteria
