Subscribe to the gold package and get unlimited access to Shamra Academy
Register a new userA Comparative Study of CpG Islands Detected by Different Tools: Newcpgreport and CpGCluster
دراسة مقارنة لخصائص جزر الCpG المكتشفة باستخدام أداتي newCpGReport و CpGCluster
1409
0 25
0
(
0
)
Added by
Damascus University ورقة بحثية
Publication date
2012
fields
Medical Device Engineering
and research's language is
العربية
Created by
Shamra Editor
Ask ChatGPT about the research
تؤدي جزر الCpG دوراً مهماً في تنظيم عملية نسخ الجينات. و يعود ذلك لتراكب عدد كبير من هذه الجزر مع محفزات نسخ الجينات. إِذ إن مْثيلة الجزر الموجودة في منطقة المحفزات يمكن أن يعطل عملية نسخ الجين المسؤول عنه هذا المحفز. و من أهم هذه الحالات تعطل الجينات المثبطة لتطور الأورام السرطانية, فقد بينت العديد من الدراسات أن مثيلة جزر الCpG هو من العلامات المهمة على وجود السرطان أو إمكانية تطوره. وانطلاقاً من أهمية جزر CpG, فقد طُورت عدة خوارزميات للكشف عنها في سلاسل النكليوتيدات. و تقسم هذه الخوارزميات بشكل عام إلى نوعين رئيسين و هما: الخوارزميات التي تعتمد على المسافة, و من أهمها خوارزمية (CpGCluster), و الخوارزميات التي تعتمد على النافذة المنزلقة و منها (newCpGReport).إلا أن هناك بعض الاختلافات في نتائج تطبيق كل من هاتين الخوارزميتين، لذلك فإن هدف هذه الدراسة هو مقارنة أداء كل من الخوارزميتين السابقتين. كُشف عن جزر الCpG الموجودة على الصبغي 22 عند الإنسان من خلال تطبيق كلتا الخوارزميتين على هذا الصبغي. و قد أظهرت النتائج وجود اختلاف واضح بين عدد الجزر المكتشفة في كلتا الخوارزميتين، فضلاً عن وجود تباين في طول الجزر المكتشفة. كما أظهرت النتائج وجود تقاطع بين نحو 60 % من الجزر المكتشفة في كلتا الطريقتين.درِس في هذا البحث تأثير قيم بارامترات جزر الCpG و هي الطول و محتوى C+G content) C+G) و نسبة الملاحظ/المتوقع في عدد الجزر المكتشفة. و تبين أن لعتبة الطول تأثيراً كبيراً في عدد الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport, على عكس خوارزمية CpGCluster التي لا يتأثر أداؤها بعتبة الطول. كما درِس تأثير جعل الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport تبدأ و تنتهي بزوج النكليوتيدات CpG, و كانت النتيجة زيادة قيم كل من بارامتري المحتوى و نسبة الملاحظ/المتوقع لنسبة كبيرة من الجزر، مع الأخذ بالحسبان انخفاض طول نحو 25 % من الجزر إلى ما دون 200 نكليوتيد.
CpG islands play an important role in genes transcription regulation, due to the fact that these islands overlap with the genes’ promoter regions, and the methylation of those CpG islands may repress the transcription of the associated genes. Previous studies reported that methylation of CpG islands is an important indicator of the presence and possibility of developing cancers. There are mainly two types of algorithms to identify CpG islands in the nucleotides sequences: distance-based and sliding-window algorithms. The outputs of these algorithms are different for the same nucleotide sequence. The aim of this study is to compare the performance of the above mentioned algorithms by using two web tools named CpGCluster and newCpGReport. CpG islands in human chromosome 22 were identified by applying the two algorithms on this chromosome, and the variation in the number and length of the identified islands was clear. The results also show that about 60% of both tools’ output is crossed. Moreover, the effect of the traditional parameters of CpG islands (length, C+G content and Observed/expected ratio) on the number of the identified islands was studied. The results show that the length parameter has a great effect on the number of islands identified by newCpGReport, while it does not affect CpGCluster’s performance. The effect of making CpG islands identified by newCpGReport start and end with CpG was also studied, due to this operation C+G content and Observed/expected ratio increased for most islands, taking into account that 25% of the islands became shorter than 200 nucleotides.
Artificial intelligence review:
Research summary
تؤدي جزر الـ CpG دورًا مهمًا في تنظيم عملية نسخ الجينات، حيث يمكن لمثيلة هذه الجزر في منطقة المحفزات أن تعطل عملية النسخ، مما يؤدي إلى توقف إنتاج البروتينات المرتبطة بهذه الجينات. هذا البحث يهدف إلى مقارنة أداء خوارزميتين للكشف عن جزر الـ CpG: CpGCluster وnewCpGReport. تعتمد الأولى على المسافة بين أزواج النكليوتيدات، بينما تعتمد الثانية على مبدأ النافذة المنزلقة. أظهرت النتائج وجود اختلافات واضحة بين عدد الجزر المكتشفة وطولها بين الخوارزميتين، مع تقاطع حوالي 60% من الجزر المكتشفة. كما دُرس تأثير قيم بارامترات الطول ومحتوى C+G ونسبة الملاحظ/المتوقع على عدد الجزر المكتشفة. تبين أن عتبة الطول لها تأثير كبير على عدد الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport، بينما لا تتأثر خوارزمية CpGCluster بهذه العتبة. كما أظهرت النتائج أن جعل الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport تبدأ وتنتهي بزوج النكليوتيدات CpG يزيد من قيم بارامتري المحتوى ونسبة الملاحظ/المتوقع لنسبة كبيرة من الجزر، مع انخفاض طول نحو 25% من الجزر إلى ما دون 200 نكليوتيد.
Critical review
دراسة نقدية: على الرغم من أن البحث يقدم مقارنة شاملة بين خوارزميتين للكشف عن جزر الـ CpG، إلا أن هناك بعض النقاط التي يمكن تحسينها. أولاً، كان من الأفضل تضمين خوارزميات أخرى للكشف عن جزر الـ CpG لتعزيز شمولية الدراسة. ثانيًا، لم يتم التطرق بشكل كافٍ إلى تأثير العوامل البيولوجية الأخرى التي قد تؤثر على دقة الكشف. ثالثًا، كان من الممكن تقديم تحليل أعمق للنتائج المتقاطعة بين الخوارزميتين لتحديد أيهما أكثر فاعلية في سياقات بيولوجية مختلفة. وأخيرًا، كان من المفيد تضمين تطبيقات عملية لهذه الخوارزميات في أبحاث السرطان أو الجينات لتوضيح الفائدة العملية لهذه الدراسة.
Questions related to the research
-
ما هو الدور الذي تلعبه جزر الـ CpG في تنظيم عملية نسخ الجينات؟
تؤدي جزر الـ CpG دورًا مهمًا في تنظيم عملية نسخ الجينات، حيث يمكن لمثيلة هذه الجزر في منطقة المحفزات أن تعطل عملية النسخ، مما يؤدي إلى توقف إنتاج البروتينات المرتبطة بهذه الجينات.
-
ما هي الخوارزميتان اللتان تمت مقارنتهما في هذا البحث؟
الخوارزميتان هما CpGCluster وnewCpGReport. تعتمد الأولى على المسافة بين أزواج النكليوتيدات، بينما تعتمد الثانية على مبدأ النافذة المنزلقة.
-
ما هو تأثير عتبة الطول على عدد الجزر المكتشفة باستخدام الخوارزميتين؟
عتبة الطول لها تأثير كبير على عدد الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport، بينما لا تتأثر خوارزمية CpGCluster بهذه العتبة.
-
ما هي نسبة التقاطع بين الجزر المكتشفة باستخدام الخوارزميتين؟
نسبة التقاطع بين الجزر المكتشفة باستخدام الخوارزميتين هي حوالي 60%.
References used
Illingworth R.S., Bird A.P., (2009), “CpG islands – ‘A rough guide’”, FEBS letters, Vol. 583, p.p. 1713-1720
Hou P., Ji M., Liu Z., Shen J., Cheng L., He N., Lu Z., (2003), “A microarray to analyze methylation patterns of p16Ink4a gene 5’-CpG islands”, Clinical Biochemistry, Vol. 36, p.p. 197-202
Bastian P.J., Yegnasubramanian S., Palapattu G.S., Rogers C.G., Lin X., De Marzoa A.M., Nelson W.G., (2004), “Molecular Biomarker in Prostate Cancer: The Role of CpG Island Hypermethylation”, European Urology, Vol. 46, p.p. 698-708
rate research
Read More
The ability of data mining to provide predictive information
derived from huge databases became an effective tool in the hands
of companies and individuals، allowing them to focus on areas that
are important to them from the massive data generated
by the
march of their daily lives. Along with the increasing importance of
this science there was a rapidly increasing in the tools that produced
to implement the theory concepts as fast as possible. So it will be
hard to take a decision on which of these tools is the best to
perform the desired task. This study provides a comparison
between the two most commonly used data mining tools according
to opinion polls، namely: Rapidminer and R programming language
in order to help researchers and developers to choose the best suited
tool for them between the two. Adopted the comparison on seven
criteria: platform، algorithms، input/output formats، visualization،
user’s evaluation، infrastructure and potential development، and
performance by applying a set of classification algorithms on a
number of data sets and using two techniques to split data set: cross
validation and hold-out to make sure of the results. The Results
show that R supports the largest number of algorithms، input/output
formats، and visualization. While Rapidminer superiority in terms
of ease of use and support for a greater number of platforms. In
terms of performance the accuracy of classification models that
were built using the R packages were higher. That was not true in
some cases imposed by the nature of the data because we did not
added any pre-processing stage. Finally the preference option in
any tool is depending on the extent of the user experience and
purpose that the tool is used for
Silver nano- particles (NPs) are used in many fields because of
their unique electrical, optical, chemical and biological (antibacterial)
properties. Recently, inkjet technology has been used
to produce flexible electronic circuit at low cost.
In this paper we present a study of ZnS thin films thermally deposited on
glass substrates, with different optical thicknesses. On topography micrographs
and feature parameters obtained by Atomic Force Microscope, we pursued the
islands formation
and growing in ZnS thin films even on the same optical
thickness of the film. For doing so, we analyzed the micrographs surface, using
Watershed Segmentation and Wolf pruning that allow the detection of
significant features on surfaces, Grain sorting operator and Parameter
Distribution Study.
This research aims at studying two different translations of D. H.
Lawrence‟s Women in Love, and comparing these two translations in
terms of the strategies followed by the translators and the problems that
faced them during translation. One of th
ese two translations is by the Iraqi
researcher and translator Amjad Housien, and the other one is by the
Syrian researcher and critic Hana Abboud.
Aim:
The aim of this study was to compare the weight of debris and irrigant that extruded
apically during the preparation of root canal system using standardized technique, hand
ProTaper, and rotary universal ProTaper.
Materials and Methods:
The
sample was consisted of 30 single rooted teeth, with single canal and apical
foramen, the working length was standardized and the access cavity prepared, each tooth
was fixed with ruper stopper in glass vial contains agar 1.5% to simulate the periapical
tissue. And the vial was fixed in a bigger vial to eliminate any unneccesry contact with the
apparatus. The first vial was weighted before and after preparation.
The sample was randomly divided into three groups, group A Standardized
technique, B Hand ProTaper PTH , C Universal ProTaper PTU.
Result:
The three techniques caused apically extruded debris and irrigants, with statically
significance between Standarized technique and Hand ProTaper(P= 0.024) while the first
caused more debris and irrigants extrusion, also Universal ProTaper caused more extrusion
than Hand ProTaper with statically significance (p= 0.050), but there was no significant
differences between Standarized technique and Universal ProTaper P>0.05.
Conclusion:
Under the condition of this study, it can be concluded that both hand and rotary
preparation technique will cause apical extrusion of debris and irrigants. And PTH was the
least causing of apically extrusion.
Log in to be able to interact and post comments
comments
Fetching comments
Sign in to be able to follow your search criteria
