اشترك بالحزمة الذهبية واحصل على وصول غير محدود شمرا أكاديميا
تسجيل مستخدم جديدسلسلة الحمض النووي الريبي في المعلوماتية الحيوية
(RNA-seq) in Bio-informatics
1166
1 31
0
(
0
)
نشر من قبل
جامعة دمشق حلقة بحث
تاريخ النشر
2018
مجال البحث
الهندسة المعلوماتية
والبحث باللغة
العربية
تأليف
محمد الهادي نجار( طالب )
تمت اﻹضافة من قبل
Hadi Najjar
اسأل ChatGPT حول البحث
القدرة على تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي(RNA) بسهولة وكفاءة هي المفتاح الرئيس في أبحاث النواقل البيولوجية (Bioconductor). بدءًا من التعدادات الملخصة على مستوى الجين ، يشتمل التحليل النموذجي على المعالجة المسبقة والتحليل الاستكشافي للبيانات واختبار التعبير التفاضلي وتحليل المسار مع النتائج التي تم الحصول عليها والتي تخبرنا بالتجارب المستقبلية ودراسات التحقق.
The ability to easily and efficiently analyse RNA-sequencing data is a key strength of the Bioconductor project. Starting with counts summarised at the gene-level, a typical analysis involves pre-processing, exploratory data analysis, differential expression testing and pathway analysis with the results obtained informing future experiments and validation studies
مراجعة الذكاء الصنعي:
ملخص البحث
تناقش الورقة البحثية المقدمة من جنان الفحام، رشا بكور، محمد الهادي نجار، ومحمد نشار من جامعة دمشق، كلية الهندسة المعلوماتية، تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) باستخدام تقنيات الجيل التالي من التسلسل (NGS). يركز البحث على أهمية تحليل بيانات RNA-seq في أبحاث النواقل البيولوجية، حيث يتم استخدام هذه التقنية للكشف عن كمية وجود الرنا في العينات البيولوجية في لحظة معينة. يتم توظيف RNA-seq في تحليل التغيرات الخلوية الطارئة على التعبير الجيني، مما يسهل عملية مراقبة الشيفرات الجينية الثانوية مثل الطفرات وحالات الاندماج بين الجينات. تقدم الورقة برنامج تحليل سلسلة الحمض النووي (Grape RNA-Seq Analysis Pipeline) كحل أول، والذي يتميز بواجهة سهلة الاستخدام ويتيح معالجة البيانات البيولوجية الضخمة بكفاءة عالية. كما تقدم الورقة توزيعة (edgeR) كحل ثاني، والتي تتيح إدارة وتنظيم وترشيح واختزال البيانات بالإضافة إلى توزيعة (Limma) التي تتيح إنشاء نماذج خطية وتطبيق توابع غاوصية للوصول إلى تعبيرات تفاضلية واختبار مجموعات الجينوم. تخلص الورقة إلى أن تطبيق تقنية RNA-seq باستخدام الحاسوب يمكن أن يتخطى المجالات الطبية إلى المجالات الزراعية والحيوية التقنية، ويمكن أن يساهم في تأمين علاج نوعي للخلايا السرطانية.
قراءة نقدية
دراسة نقدية: تقدم الورقة البحثية معلومات قيمة حول تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) وتطبيقاتها في الأبحاث البيولوجية. ومع ذلك، يمكن تحسين الدراسة من خلال توفير مزيد من التفاصيل حول كيفية تطبيق تقنيات الجيل التالي من التسلسل (NGS) بشكل عملي في المختبرات. كما يمكن تعزيز الدراسة بإضافة أمثلة تطبيقية توضح كيفية استخدام برنامج Grape RNA-Seq Analysis Pipeline وتوزيعة edgeR في تحليل بيانات حقيقية. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تحسين الدراسة من خلال مناقشة التحديات المحتملة التي قد تواجه الباحثين عند استخدام هذه التقنيات وكيفية التغلب عليها.
أسئلة حول البحث
-
ما هو الهدف الرئيسي من تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq)؟
الهدف الرئيسي هو الكشف عن كمية وجود الرنا في العينات البيولوجية في لحظة معينة وتحليل التغيرات الخلوية الطارئة على التعبير الجيني.
-
ما هي المزايا الرئيسية لبرنامج Grape RNA-Seq Analysis Pipeline؟
يتميز بواجهة سهلة الاستخدام، معالجة البيانات البيولوجية الضخمة بكفاءة عالية، وتخزين النتائج النهائية في قاعدة بيانات MySQL.
-
ما هي التوزيعات التي تم مناقشتها في الحل الثاني لتحليل بيانات RNA-seq؟
تم مناقشة توزيعة edgeR، Limma، وGlimma.
-
كيف يمكن لتقنية RNA-seq أن تساهم في علاج الخلايا السرطانية؟
يمكن مراقبة الخلايا السرطانية باستمرار باستخدام تقنية RNA-seq، مما يساهم في تأمين علاج نوعي وقد يحل يوماً ما مكان تحاليل الدم والواسمات الحيوية.
كلمات مفتاحية
RNA-seq
NGS
تحليل بيانات
التعبير الجيني
Grape RNA-Seq Analysis Pipeline
edgeR
Limma
Glimma
المراجع المستخدمة
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4937821/
قيم البحث
اقرأ أيضاً
إن إدخال طلاب المعلوماتيين الطبية الحيوية (BMI) للمعالجة اللغوية الطبيعية (NLP) يتطلب موازنة العمق الفني مع المعرفة العملية لمعالجة الاحتياجات التي تركز على التطبيق.قمنا بتطوير مجموعة من ثلاثة أنشطة إدخال طلاب BMI تمهيدي لاسترجاع المعلومات مع NLP، وا
لغطاء استراتيجيات تمثيل المستندات ونماذج اللغة من TF-IDF إلى Bert.تزود هذه الأنشطة الطلاب بتجربة عملية مستهدفة نحو حالات الاستخدام المشترك، وإدخال مكونات أساسية من سير العمل NLP لمجموعة واسعة من التطبيقات.
إنّ الهدف الأساسي من هذا البحث :
هو تحديد العلامات الجينية لفيروس الالتهاب الكبدي الوبائي (B ) يسمى اختصارا ً ب (HBV ) والذي يكون مرتبط بشكل رئيسي بسرطان الكبد (HCC) وذلك عن طريق ميّزة استخراج المعلومات المفيدة من البيانات كبيرة الحجم التي
تمثل العنصر الرئيسي في مجال المعلوماتيّة الحيويّة Bioinformatics وبشكل رئيسي يتم ذلك من تطوير فكرة مقارنة سلاسل DNA الكاملة ل HBV مع السلاسل الموجودة لدى المرضى الذين يعانون من السرطان الكبدي الوبائي و كذلك المرضى اللذين لا يعانون منه .
إنّ إطار التنقيب عن البيانات data mining framework (الذي نقصد به ِ؛ جمع وتحليل كميّات كبيرة من البيانات لإيجاد علاقة منطقية فيما بينها بحيث تلخّص هذه البيانات بطريقة جيّدة ) يتضمن تحليل التطور الجيني molecular evolution analysis وعملية العنقدة clustering و feature selection وتعليم المصنف classifier learning وعملية التصنيف classification حيثُ سيتم توضيح كيفيّة توظيفها جميعا ً في هذا البحث.
في هذا البحث قمنا بدراسة أكثر البروتوكولات الحيوية للتحكم بالوصول للوسط استخداماً في شبكات الحساسات اللاسلكية, و اخترنا في دراستنا كل من البروتوكول المستوحى من مستعمرة النمل المثلى,
و البروتوكول المستوحى من مستعمرة النحل المثلى, و البروتوكول المستوح
ى من أسراب
الطيور, و قمنا بعمليات مقارنة لهذه البروتوكولات الحيوية فيما بينها و مع بروتوكول
تقليدي غير حيوي, و ذلك وفق معايير أداء الشبكة و نسبة التسليم (الوثوقية) و طول عمر
الشبكة.
تهدف هذه الدراسة إلى التعرف إلى مدى امتلاك طلبة الدراسات العليا في كلية الهندسة المعلوماتية في جامعة دمشق لمهارات استخدام الحاسوب و ذلك من خلال قياس مقدرتهم في استخدام الحاسوب وفق المجالات التالية:
( مهارات أساسيات الحاسوب , مهارات استخدام نظام التش
غيل , مهارات استخدام البرامج الجاهزة , و مهارات استخدام شبكة المعلومات و الأنترنت ) , و تم تصميم استبيان خاص لتحقيق أهداف الدراسة و عرضه على مجموعة من المحكمين المختصين من ذوي الخبرة للتأكد من صدقه و ثباته بفحص الإتساق الداخلي لفقراته بحساب معامل كرونباخ ألفا , حيث يبلغ معامل الثبات (0.94) و كذلك تم استخدام برنامج الرزم الإحصائية (SPSS) لتحليل البيانات.
و وصلت الدراسة في النهاية إلى جملة من النتائج التي أفضت بدورها إلى بعض المقترحات التي من الممكن أن تعود بالفائدة على العاملين و المهنيين و الاخصائيين بمجال الحاسوب في الكلية و الجامعة و المجتمع.
إن حقن الجرذان بالكولاجين - 2 يؤدي الى إحداث التهاب مفاصل، و هذا
الالتهاب يتميز بالتبدلات الكيميائية المرضية و الفيسيولوجية المرضية نفسها للداء الرثواني عند الإنسان. قمنا في هذا البحث بدراسة التبدلات الكيميائية و المرضية لكل من الفيتامين ه و الالوبو
رينول على الجرذان التي أحدث عندها نموذج التهاب مفاصل رثواني. تمت درِست مؤشرات ضغط الأكسدة و البروستاغلاندين ي- 2 عند الجرذان جميعها.
الأسئلة المقترحة
سجل دخول لتتمكن من نشر تعليقات
التعليقات
جاري جلب التعليقات
سجل دخول لتتمكن من متابعة معايير البحث التي قمت باختيارها
