يشمل التشخيص التفريقي لتضيّق البوّاب الضخامي, كل الأمراض الجراحية والداخلية التي تؤدي إلى قيء غير صفراوي Non Bile – Stained كشكوى أساسية عند رضيع, فيما يلي قائمة بعض الحالات المهمة:

1. اضطرابات التغذية Feeding Problems:

إن تقنيات التغذية الخاطئة, أو محاولات زيادة التغذية, تسبب القيء. نموذج القيء يكون بعيد الاحتمال لأنه يقلد الصورة النموذجية لـH.P.S.

2. آفات الوصل المعدي المرئي: وأهمها الجزر Reflux ويشتمل على :تشنج البوّاب مع أو بدون GER وهن المعدة البدئي (Primany gastric Atonic) مع أو بدون GER الـGER المبدئي أو اللاإرتخائية(Achalsia) إن عدم استمساك المعصرة المرئية السفلية شائع في المراحل المبكرة عند الرضع. وبسبب الإقياء الذي قد يكون قذفياً مقلداً في الـH.P.S.
3. الإنتانات Infections: التهاب الطرق البولية, وذات الرئة والتهاب السحايا تسبب الإقياء ولكن الرضيع يكون واسنا مريضاً Illness and Lethargic وتظهر علامات الإنتانات الأخرى مثل ارتفاع الحرارة أوانخفاضها.
4. اضطرابات الغدد الصماوية وخاصة فرط تصنع الكظر: إن فرط بوتاسيوم الدم المصلي يجب أن ينبه السريري إلى ذلك.
5. آقات الجملة العصبية المركزية, وخاصة المترافقة بارتفاع التوتر داخل القحف.
6. تشوهات تشريحية:

• التشنج البوّابيPylorospasm: يحدث نتيجة زيادة الحموضة المعدية, يمكن أن نخلط بينها وبين HPS على الصورة الظليلية، كما يصعب في حال وجود القرحة الهضمية معها. لكن الأمواج فوق الصوتية تستطيع إظهار لمعة متضيقة مع قياسات بوّابيّة طبيعية.
• الوتر البوّابةAntral web: تبدي الصورة الظليلية عيب امتلاء في منطقة البوّاب ويكون التشخيص المؤكد بإجراء التنظير الهضمي العلوي، وقد لوحظ أن الرف الذي يسبب انسداداً جزئياً في اللمعة يحدث فيه الشفاء سواء عولج جراحياً أو دوائياً (مضاد تشنج) وذلك بحسب دراسة (Tunel& smith 1980).
• الرتق البوّابيPyloric Atresia: يتراوح ما بين حجاب معترض من الغشاء المخاطي إلى كتلة أنسجة صلبة قد تسبب فصلاً تاماً للغار المعوي عن البواب أو عن العفج، شعاعياً: نلاحظ وجود معدة متسعة بشدة مع غياب الغاز في بقية البطن.
• الكيسة التضاعفية البوّابيّةPyloric Duplication Cyst: في غالب الأحيان يبدو المظهر الشعاعي لهذه الآفة طبيعياً، ولكن إذا تبارزت ضمن اللمعة المعدية فإنها تعطي مظهر امتلاء, قد تكون الكيسة مفصولة تماماً عن المعدة. بالأمواج فوق الصوتية نلاحظ وجود كتلة لا صدوية مع وجود غشاء مخاطي محدد عالي الصدى مع جدار عضلي ناقص الصدى لا تتجاوز ثخانته 15ملم، وفي بعض الأحيان تشكل رتج حقيقي في منطقة البوّاب يظهر بشكل واضح على التصوير الظليل، ويمكن أن يسبب أعراض انسداد غير تام للمخرج المعدي.
• التطوي المعدي Volvulus: وهي إحدى تظاهرات سوء الدوران Malrotation قد تسبب انسداد تاماً أو جزئياً للمخرج المعدي، عادة تظهر صورة البطن البسيطة توزعاً طبيعياً للغازات ما لم يكن الانسداد تاماً إن الدراسة الظليلية تظهر توضع الأيمن الشاذ للعري المعوية الصائمية. كما أن الصورة الجانبية قد تظهر التوضع الخلفي الواضح للبوّاب.
• البنكرياس الحلقية Annulus Pancreas: يمكن أن تسبب انسداداً عفجياً تاماً أو تحت التام بسبب الضغط الخارجي وفي الواقع لا يوجد موجودات شعاعية متميزة تستطيع أن تفرق الانسداد بسبب بنكرياس حلقية عن بقية أسباب الانسداد على هذا المستوى.
• النسيج البنكرياسي الهاجر Aberrant Pancreatic Tissue: يمكن أن يسبب عيب امتلاء هامشي مدور في عمود الباريوم في المعدة والعفج مع تسرر مركزي بسبب الباريوم المحتبس ضمن القناة المركزية ولكن تبقى الأهمية السريرية لمثل هذه الحالات غير أكيدة، وكذلك مدى علاقتها بالألم البطني.
• الداء الحبيبي المزمن Chronic Grunulamatous Disease: لدى إصابته للجزء الغاري من المعدي فإنه يؤدي إلى تضيق اللمعة. الأمواج فوق الصوتية يمكنها أن تظهر التسمك الموضعي للجدار المعدي في منطقة الغار المتضيّق. المعالجة بالصادات المناسبة تؤدي إلى زوال الانسداد, والمداخلة الجراحية عادة غير مستحبة.

إن التشخيص التفريقي لتضيّق البوّاب الضخامي واسع ويتضمن كل أسباب الإقُياء غير الصفراوي عند الرضع:

• الشذوذات التشريحية التي تقلّد التضيّق البوّابي: (التضيّق العفجي– الحاجز الغاري البوّابي– تضاعف البوّاب).
• الاضطرابات الوظيفية وتتضمن: التهاب معدة وأمعاء, قلس مريئي معدي مع أو بدون فتوق فرجوية والأكالازيا.
• الاضطرابات الاستقلابية: فرط تنسج الكظر الخلقي – اضطرابات الاستقلاب الخلقية.
• اضطرابات داخل القحفية: نزف ضمن الدماغ, استسقاء الرأس.
• الإنتان (التهاب المجاري البولية – ذات الرئة – التهاب سحايا – الإسهال الإنتاني).
• المتلازمة الكظرية التناسلية وقصور الكظر:يفرق القصور الكظريبغياب الزيتونة ووجود الحماض الاستقلابي وارتفاع (البوتاسيوم في المصل والصوديوم في البول).
• الاضطرابات الاستقلابية قد يسبب بعضها إقياءات متكررة مع قلاء (اضطرابات حلقة البولة). أو يسبب إقياءات متكررة مع حماض (حماض عضوي).
• شذوذ تشريحي خلقي: غشاء بواب, تضاعف البوّاب. ولكنها نادراً ما تسبب إقياءات مزمنة أو حركات حوية مرئية. وفي حال التضاعف يمكن جس كتلة.
• تضيّق العفج قبل مجل فاتر قد ينجم عنه تظاهرات سريرية مشابهة لتضّيق البوّاب ولكن يمكن أن لا تكون هناك كتلة مجسوية.