يعد تلوث الأغذية والأعلاف بالمبيدات لعدة أسباب أهمها :

1- سوء استخدام المبيدات المسموح تداولها

2- زيادة عدد مرات الرش عما هو مطلوب

3- زيادة تركيز المادة الفعالة في الرشة الواحدة

4- عدم التقيد بموعد جني الثمار بعد الرشة الأخيرة ( فترة الانتظار قبل القطاف )

5- استعمال المبيدات بشكل غير صحيح ومنها :

أ- استعمال المبيدات منتهية الصلاحية

ب- استعمال مبيدات ممنوعة الاستخدام

ج- استعمال المبيدات غير المراقبة من قبل الجهات المعنية في وزارعة الزراعة

6-استيراد المواد والمنتجات الغذائية والعلفية الملوثة من بعض الدول التي يسمح فيها باستخدام بعض أنواع المبيدات الممنوعة دوليا مثل بعض المبيدات الكلورية