تتم عملية المسح الجيوكيميائي بتجميع العينات الصخرية وعينات رواسب الأولية والتربة، وإجراء التحاليل الكيميائية اللازمة، ومن ثم عمل تفسير للنتائج لتحديد المواقع المعدنية الهامة والتوصية بعمل دراسات تفصيلية للوصول إلى الهدف النهائي وهو إعداد الأطلس الجيوكيميائي للمنطقة الممسوحة.