تعتبر مسألة إيجاد الحل الأمثل لمسألة الارتباط الجزيئي بين المركبات من المسائل الصعبة. عند حل المسألة باستخدام الخوارزميات التي تتبع النهج الوحيد الهدف تكون النتائج متغيرة و معقدة. لا يمكن العثور إلاّ على عدد قليل من الأوراق البحثية التي تتناول هذه المسألة عن طريق اتباع النهج متعدد الأهداف، كما لم يتم بذل الجهد الكافي لإجراء مقارنات تجريبية في سبيل توضيح أفضل أداء لأفضل خوارزمية. يكمن هدف هذا البحث في استخدام مجموعة من خوارزميات الأمثلة متعددة الأهداف و المقارنة بينها لحل مسألة ارتباط الجزيئات بين المركبات.