حقق السلطان بايزيد الثاني القليل من الانجازات في المجال العسكري على الجبهة الأوروبية مقارنة مع والده السلطان محمد الفاتح، إلا أنها كانت ذات أهمية كبرى في المجال الاستراتيجي، فقد نجح في ضم مدينتي كيلي وآق كرمان، و بفضله أصبح البحر الأسود بحيرة عثمانية، كما خاض حرباً مع البندقية و استولى منها على بعض المواقع التي ساعدت على التقدّم ليس فقط في الحوض الشرقي للبحر المتوسط، بل أيضا في حوضه الغربي، فيما كان الفشل هو المسيطر على الجبهة الشرقية، حيث تمكنت القوات المملوكيّة من إلحاق الهزيمة بعدة جيوش عثمانية، كما أن سياسته السلميّة و تقاعسه أمام الصفويين أدّت إلى قيام العديد من الحركات المعادية للعثمانيين، و سمحت بازدياد النفوذ الصفوي في الأناضول. و أخيرا يعود الفضل للسلطان بايزيد الثاني في تحديث القوات البريّة و البحريّة، و بفضل الأسلحة الناريّة تمكن ابنه السلطان سليم الأول من إحراز انتصاراته الحاسمة ضد الصفويين و المماليك.