يهدف البحث إلى تقييم جودة مياه بحيرة السن و التي تغذي بشكل أساسي مدينة اللاذقية و جزء من مدينة طرطوس لأغراض الشرب. قمنا في هذا البحث بدراسة مجموعة من العوامل الفيزيائية و الكيميائية لمياه البحيرة خلال الأعوام التي توفرت فيها البيانات (1991-2004-2007-2011)، تم أخذ العينات من أربعة مواقع رصد مختلفة وفق البرنامج المعتمد من قبل المعنيين بمراقبة و حماية البحيرة و هي: (مأخذ اللاذقية، مأخذ طرطوس، مأخذ الري، مرصد النبع الجنوبي)، و قمنا بحساب مؤشر الجودة لأغراض الشرب باستعمال مؤشر المؤسسة الوطنية الأمريكية للصرف الصحي لجودة المياه National Sanitation Foundation Water Quality Index (NSFWQI). تم اعتماد تسعة عوامل: (الأوكسجين المنحل Dissolved Oxygen، تعداد العصيات الغائظية Fecal Coliform، الأس الهيدروجيني pH، الـ BOD5 Biochemical Oxygen Demand، درجة الحرارة Temperature، الفوسفات Phosphate، النترات Nitrates، العكارة Turbidity، المواد الصلبة الكلية Total Solids). بينت نتائج الدراسة أن تصنيف جودة المياه كانت جيدة في كافة نقاط الرصد الأربعة خلال الأعوام 1991 و 2004 مع ملاحظة تحسن ملموس للجودة في العام 2004، و تنخفض بشكل بسيط خلال الأعوام 2007 و 2011 لنقطتي الرصد في مأخذ اللاذقية و مأخذ الري و لكن تبقى ضمن حدود التصنيف الجيد، في حين تنخفض جودة هذه المياه لتدخل ضمن عتبة التصنيف الوسط لنقطتي الرصد مأخذ طرطوس و مرصد النبع الجنوبي.