كان مولانا يقيم كبير وزن للطب الظاهري المدرسي كما يظهر في آثاره، و كانت لديه معرفة كافية بالاعتلالات الجسدية و أعراضها و علاجاتها، و غالباً ماكان يستخدم هذه المعلومات لبيان التجارب الروحية و الأمور المعنوية . و يعد مولانا – كطائفة من العلماء القدامى - العلم البحثي مأخوذاً من وحي الأنبياء كعلم الطب و النجوم. و يذكر في المثنوي أفلاطون الطبيب و جالينوس ، و يرى في جالينوس نموذجاً كاملاً للطبيب الجسماني، و يضرب به المثل في الإحاطة بالطب و التبحر في علاج المرضى، و يذكر أن كتبه في الطب و التشريح و الأدوية كانت متداولة بين المسلمين.