Testing for differential abundance in compositional counts data, with application to microbiome studies


الملخص بالعربية

تحديد الضرائب التي ترتبط بالخلايا البكتيرية الخاصة بنا مع الصفات المطلوبة هو مهم لتقدم العلوم والصحة. ومع ذلك، التحديد من المشكلة لأن الاتجاه المقاس لعدد الضرائب (بواسطة ترديد الأمبليكون) هو التركيبي، لذلك تحدث تغيير في كثافة ضريبة واحدة في البكتيريا تحديثا في عدد الترديد المسجل عبر جميع الضرائب. وتكون البيانات عادة ما تكون قليلة التوازن، مع عدد الصفرات الموجودة إما بسبب الاختلاف البيولوجي أو عمق الترديد الفني (الصفرات الفنية). للضرائب الكثافة المنخفضة، فإن الفرصة للصفرات الفنية غير محذوفة. نظرا لأن الطرق الموجودة المصممة لتحديد الكثافة المختلفة للبيانات التركيبية قد تتضمن عددا مرتفعا من الأشياء الخاطئة بسبب التعامل غير الصحيح مع الصفرات. نقدم طريقة جديدة غير باراميترية والتي توفر التأكيد الصحيح حتى عندما يكون نسبة الصفرات كبيرة. يستخدم طريقتنا مجموعة من الضرائب المرجعية التي لا تختلف في الكثافة، والتي يمكن تقديرها من البيانات أو من المعلومات الخارجية. نظرا لأننا نظهر أن الطريقة الجديدة هي مفيدة عبر المحاكاة، فضلا عن على ثلاث مجموعات بيانات مختلفة: دراسة مرض كرون، مشروع البكتيريا البشرية، وتجربة مع البكتيريا المحشوة.

تحميل البحث