يشمل التشخيص التفريقي لتضيّق البوّاب الضخامي, كل الأمراض الجراحية والداخلية التي تؤدي إلى قيء غير صفراوي Non Bile – Stained كشكوى أساسية عند رضيع, فيما يلي قائمة بعض الحالات المهمة:
إن تقنيات التغذية الخاطئة, أو محاولات زيادة التغذية, تسبب القيء. نموذج القيء يكون بعيد الاحتمال لأنه يقلد الصورة النموذجية لـH.P.S.
إن التشخيص التفريقي لتضيّق البوّاب الضخامي واسع ويتضمن كل أسباب الإقُياء غير الصفراوي عند الرضع: