يعتبر الزيتون من الاشجار القليلة الأصابة بالآفات من أمراض وحشرات مقارنة بغيره من الاشجار المثمرة ومحاصيل الخضر. ونتيجة لذلك فأن نسبة عالية من مزارعي الزيتون في بعض الأقطار العربية لا يستعملون أي نوع من المكافحة الكيماوية في مزارعهم. ولعلهم لا يعرفونها أصلاً. وتجرى عمليات مكافحة الآفات الخطيرة التي يمكن أن تأثر على حياة الزيتون مثل ذبابة الزيتون أو حشرات أخرى مثل بسيلا الزيتون وتخص الأمراض بحملات مدعمة من وزارات الزراعة ووزارات الفلاحة والتنمية الريفية في بعض الاقطار العربية مثل الجزائر.

ومن الآفات المشتركة بين معظم الأقطار العربية وتؤثر على المحصول نوعاً و/ أو كماً كما يأثر بعضها على الشجرة نفسها ما يلي:

أ- ذبابة ثمار الزيتون:

تؤدي ذبابة ثمار الزيتون ألى خسارة كبيرة في كمية المحصول وخاصة في سنوات الحمل الخفيف، كما تؤدي إلى تدني نوعية الثمار فلا تصلح للتخليل وترفع حموضة الزيت فيندر أن يستحق الزيت درجة بكر ممتاز إذا كانت الثمار مصابة بذبابة ثمار الزيتون. ولك قطر من الاقطار العربية دراساته فيما يتعلق بمواعيد ظهور أجيالها الثلاث والموعد المناسب لمكافحتها ووسائل مقاومتها أو الحد من ظهورها. ويميل المزارع المثقف في بعض الدول العربية الى استعمال وسائل المكافحة المتكاملة أو الحيوية لتجنب انتشارها في مزرعته أو للتحلص منها وذلك للمحافظة على نوعية منتجه من الزيت والزيتون.

ب- حفار ساق التفاح:

وله حضور ظاهر في المزارع البعلية في معظم مناطق الزيتون البعلية كالأردن وسوريا وفلسطين ومصر وليبيا. ويسبب أضراراً خصوصاً في سنوات الجفاف.

ج- عثة ثمار الزيتون:

تظهر عثة ثمار الزيتون في فصل الربيع في معظم الأقطار العربية وتؤدي الإصابة بها إلى سقوط الأزهار والثمار .ولكن خطرها وأثرها في تخفيض نوعية المنتج يعتبر خفيف جداً مقارنة بذبابة الثمار.

د- بسيلا الزيتون:

تؤدي بسيلا الزيتون إلى سقوط الأزهار والثمار وتزداد خطراً عن عثة ثمار الزيتون في كونها اوسع انتشارا وفي كونها تجتذب ألى الشجرة المصابة بها فطر يعيش على ندوتها العسلية.

ومن الأمراض ذات الأثر المعتبر على زراعة الزيتون في الوطن العربي مرض الذبول المتسبب عن فطر الفيرتسيليوم: وهو موجود في عدد من الأقطار العربية . وقضى على مساحات واسعة من الزيتون في الأردن في العقد الثامن من القرن العشرين. لكنه انحسر نتيجة الوعي بطرق الوقاية منه.ويظهر المرض في المناطق المروية أكثر من البعلية لذلك يسجل ظهوره في مصر منذ عام 1992 في الفيوم ومناطق الاستصلاح الزراعي الجديدة. وتتخذ الاحتياطات للحد من ظهوره.وقد ذكر أنه يصاحب الزراعات المروية في المغرب ولكن بقلة.