بدأ أول مركز للتعليم الجامعي في محافظة سوهاج بكلية التربية عام ۱۹۷۱م، وفي عام 1975م، تم إنشاء كليتي الآداب و العلوم، ثم تحول هذا المركز إلي فرع لجامعة أسيوط في سوهاج بعد أن أنشئت في عام ۱۹۸۰ كلية التجارة، وفي عام 1991 بدأ العمل بكلية الطب التي صدر بها قرار جمهوري سنة ۱۹۷۸، و في عام 1995 أصبح فرع الجامعة في سوهاج فرعًا لجامعة جنوب الوادي، و مركزها الرئيسي قنا، وفي عام 1996م أنشئت كلية الزراعة، و مع صدور قرار بإنشاء جامعة سوهاج عام 2006م أضيفت إلي الجامعة كليتا التعليم الصناعي والتمريض، ثم صدر القرار الجمهوري رقم324 لسنة 2007 بإنشاء كليتي الهندسة و الطب البيطري، ليصبح عدد الكليات آنذاك بالجامعة عشر كليات، وفي عام 2013 صدر قرار بإنشاء كليتي الصيدلة والتربية الرياضية، كما اُنشئت كلية الحقوق بالقرار الوزاري رقم ” 415 ” لسنة 2014. و في عام ۲۰۱۵ تم تأسيس كلية الألسن لتلبية احتياجات المجتمع السوهاجي، ثم أنشئت كلية الآثار بقرار رئيس الوزراء رقم 3512 لسنة 2015م، وبدأت الدراسة بها في العام الجامعي 2016- 2017م، وفي 4 يوليو 2019 حصلت جامعة سوهاج علي موافقة لجنة قطاع علوم الحاسب والمعلوماتية والمجلس الاعلي للجامعات بجلسته رقم 2342، علي بدء الدراسة بكلية الحاسبات والمعلومات بالجامعة ابتداء من العام الجامعي 2020/2019، ثم أنشأت كلية التربية النوعية بقرار رقم 1148 لسنة 2020 بتاريخ 2020/9/10، ليصبح عدد كليات الجامعة 17 كلية، بالإضافة إلى المعهد الفني للتمريض. تتوزع كليات الجامعة علي موقعين، الموقع القديم في شرق محافظة سوهاج بمساحة 30 فدان تقريبًا، ويضم (الإدارة المركزية، كلية العلوم، كلية الطب البشري، كلية التمريض، كلية الصيدلة، المعهد الفني للتمريض، المستشفيات الجامعية ). والموقع الجديد بمدينة سوهاج الجديدة والتي تبعد عن الجامعة القديمة حوالي 11 كم، بمساحة 1000فدان( 750فدان للمباني و 250فدان للمزارع)، ويضم ( كلية التجارة، كلية التربية، كلية الآداب، كلية الزراعة، كلية الهندسة، كلية الطب البيطري، كلية التربية الرياضية، كلية الحقوق، كلية الألسن، كلية الحاسبات والذكاء الأصطناعي، ومركز المؤتمرات (قاعة قناة السويس الجديدة). وتقوم الجامعة بدور مهم منذ إنشائها عام 2006 م في دعم مسيرة التنمية والمشاركة في القضايا القومية بكل ما تملكه من قدرات بشرية وتقنية وخبرات مختلفة، وذلك من خلال إسهامات مراكزها و وحداتها ذات الطابع الخاص في خدمة المجتمع وتنمية البيئة، بما تقدمه .من خدمات في المجالات المختلفة.