حلقة التفوّق المتعددة المواقع هي نموذج مستخدم مراراً في الإشارة الخلوية. هذا النموذج يمكن أن ينتج مجموعة متنوعة من السلوكيات الحيوية مثل الثنائية الثباتية والحساسية الأقصى بدون تأثيرات إيجابية مباشرة. في هذا البحث، نحن ندرس عدد الحالات الثابتة الإيجابية لحلقة التفوّق المتعددة المواقع العامة، وكيف يتغيّر عدد الحالات الثابتة الإيجابية بتغيير المعلمات الحيوية. نظرياً، نظراً لبعض نطاقات المعلمات، هناك على الأقل n+1 حالات ثابتة (إذا كان n زوجياً) أو n (إذا كان n فردياً). ولا يوجد أكثر من 2n-1 حالات ثابتة (وبالتالي، يعني ذلك أنه لن يكون هناك أكثر من ثلاث حالات ثابتة ل n=2، بما في ذلك كاساد المابك المتعددة المستويات). وعند المعلمات القريبة من شروط الثابتية المايكليس-مينتن القياسية، فإن هناك على الأكثر حالات ثابتة n+1. وعند المعلمات البعيدة عن شروط الثابتية المايكليس-مينتن القياسية، فإن هناك على الأكثر حالة ثابتة واحدة.
The multisite phosphorylation-dephosphorylation cycle is a motif repeatedly used in cell signaling. This motif itself can generate a variety of dynamic behaviors like bistability and ultrasensitivity without direct positive feedbacks. In this paper, we study the number of positive steady states of a general multisite phosphorylation-dephosphorylation cycle, and how the number of positive steady states varies by changing the biological parameters. We show analytically that (1) for some parameter ranges, there are at least n+1 (if n is even) or n (if n is odd) steady states; (2) there never are more than 2n-1 steady states (in particular, this implies that for n=2, including single levels of MAPK cascades, there are at most three steady states); (3) for parameters near the standard Michaelis-Menten quasi-steady state conditions, there are at most n+1 steady states; and (4) for parameters far from the standard Michaelis-Menten quasi-steady state conditions, there is at most one steady state.
As a widely used method in metabolic network studies, Monte-Carlo sampling in the steady state flux space is known for its flexibility and convenience of carrying out different purposes, simply by alternating constraints or objective functions, or ap
In 2000, Gillespie rehabilitated the chemical Langevin equation (CLE) by describing two conditions that must be satisfied for it yield a valid approximation of the chemical master equation (CME). In this work, we construct an original path integral d
Gene expression data for a set of 12 localizations from The Cancer Genome Atlas are processed in order to evaluate an entropy-like magnitude allowing the characterization of tumors and comparison with the corresponding normal tissues. The comparison
Systems biology and whole-cell modelling are demanding increasingly comprehensive mathematical models of cellular biochemistry. These models require the development of simplified models of specific processes which capture essential biophysical featur
We present a computational procedure to characterize the signs of sensitivities of steady states to parameter perturbations in chemical reaction networks.